小型粉碎机的使用当中，普遍出现了常见的变色的问题，经过分析，一般都是变灰变暗，像珍珠粉等。研究人员在进行了大量实验，对多款中药粉碎机进行了对比实验，查阅了大量研究资料后，发现，颜色的改变是由于经过小型粉碎机粉碎后，粉末细度很大，表面积变大，光线照到粒子的反射率和反射角度就会发生变化，例如珍珠粉，明明本来应该是白色的珍珠粉肉眼看去是灰色的。
一些深颜色的，比如灵芝孢子粉，小型粉碎机破壁后，颜色会加深，都会多少变色，这是很正常的并不是像有些人宣称的是由于变质的问题，其次是中药在加工前和加工后的含水量和物理性质发生了变化导致颜色有出入，而温度的变化又是关键的因素，而且有一些中药的表皮和内部的不同颜色这也是导致粉碎后颜色有变化的原因，针对这一现象科研人员将水冷机整合在超微粉碎机这一平台上，是整机协调性达到了一个相当高的水平，也解决了粉碎过程中温度升高的问题。