某些药品的特殊性对喷雾干燥塔的保护设计也会提出更高的要求。用有机溶剂溶解的物料，在干燥时要求整个系统必须满足防爆要求，同时在电机、仪表、控制阀等配件设计时都要选择防爆型。另外，为防止溶剂和空气混合为爆炸气体，系统必须采用密闭循环系统，载体要选用惰性气体，如氮气等。除此之外，一些易氧化物料的干燥，也要采用以氮气为载体的密闭循环系统。
喷雾干燥的产品为细粒子，容易形成粉尘。为适应环保的要求，只用目前常规配置的旋风分离器分离产品、净化尾气是不够的，还可以加用袋式除尘器净化，使尾气含尘量低于50毫克/立方纳米气体即可达标；或选用湿式洗涤器，将尾气含尘量降到15～35毫克/立方纳米气体。采用氮气做载体时，系统要注意密闭，排气口要引到室外。
提高热利用率是当务之急
热空气进口温度在并流操作时为250℃～500℃，逆流操作时为200℃～300℃，雾化干燥后出口温度一般控制在60℃～100℃，其热利用率较低，这也是喷雾干燥的不足之处。
目前国内工业规模的喷雾干燥塔，热效率一般为30%～50%。国外带有废热回收的喷雾干燥塔，热效率可达到70%，但该设备只有在生产能力大于100千克（水）/小时才有经济意义。不过，在用到氮气载体和有机溶剂时，采用密闭循环系统，可使氮气循环使用，溶剂冷凝套用，从而可有效地降低了生产成本。
但总的来说，喷雾干燥使用过程中的成本问题还需要设备设计和生产者进一步研究，以找到更好的降低成本的对策。