喷雾干燥机控制系统采用上位机作远程监视和控制并带有记录与存储的功能。可以实时对进风温度，排风温度，喷雾干燥室内压力，雾化器运行频率，加料泵运行频率，引风机与鼓风机的运行频率进行监控并记录，生产数据曲线和列表，以便以后的查询。具有报警功能。现场控制采用人机界面进行操作，并设有三级用户管理（操作员、管理人员、设备管理人员）。系统采用西门子PLC控制，并预留中央控制接口Profibus-dp。将现场所有温度信号，压力信号，频率信号进入PLC系统中，这样以便PLC更加精确的控制生产工艺参数。
喷雾干燥机温度的控制：进风温度电加热采用分组控制，并控制电加热采用可控硅连续调控，保证了温度控制的精度. 出风温度采用进料泵的速度与出风温度互锁的方法来精确的控制出风温度。带有料位检测探头，并具有低液位报警和保护功能，在进料管与清水管路上设有选择电磁阀门以便实现自动的切换。